Да, это возможно, если не выполнять операции prune/forget/GC и синхронизировать .chunks, indices, а потом снова .chunks — тогда всё будет согласованно (вы сделаете резервную копию некоторых чанков, на которые ещё нет ссылок, но они просто занимают место и не мешают).

Если у вас есть содержимое хранилища данных, включая каталог .chunks, а также (копии) ключей шифрования, используемых клиентами в случае зашифрованных резервных копий, вы легко сможете настроить новый экземпляр PBS и использовать его для доступа к вашим резервным копиям. Как именно копировать хранилище в другое место — решать вам, но действуют обычные предупреждения (например, простое копирование с помощью rsync будет консистентным только если в хранилище не ведется никакая активность, снимок ZFS с последующей отправкой/приемом будет консистентен на этот момент времени и т.д.).